色々とグルグルGoogleしてました。WordPressの wpautop のせい？とか Markdown save improved のせい？とか。

色々とトラブルシュートしていった結果MarsEdit側が怪しい。サーバ側で直したらならないけどそのファイルをMarsEditに読み込んでからアップするとタグが付く。ということで設定関係を見直していったらありました。

メニューの Blog → Edit Settingで開く設定のPostingにその項目があります。

BeforePosting：Apply Preview filter to content

これは投稿する前にpreview結果を適用するという意味だと思うのでチェックを外してみたところうまくいきました。